مکانیسم های دارویی و مقاومت به چند دارو به تازگی به عنوان عوامل عفونت زایی در باکتری های بیماری زا در نظر گرفته شده است. مکانیسم مسئول این افزایش مقاومت ضد میکروبی شامل تشکیل بیوفیلم، تغييردادن‌ محل های اتصال آنتی بیوتیک، مکانیسم آنزیمی که قادر به غیر فعال سازی آنتی بیوتیک می گردد، کاهش نفوذ پذیری غشاء وفعال سازی پمپ های افلاکس آنتی بیوتیکی می باشد. 

بیوفیلم ( Biofilms)، یکی دیگر از مکانیسم های مقاومت دارویی باکتریها شامل تولید بیوفیلم می باشد. مکانیسم های مقاومت رایج مانند تنظیم پمپ های افلاکس و جهش در مولکول هدف آنتی- بیوتیکی، بیوفیلم در باکتری به بقای باکتریها کمک می کند. مکانیسم های مختلف بنا به گزارش ها، مسئول مقاومت ضد میکروبی در ساختار بیوفیلم هستند: (i) انتشار ناچیز آنتی بیوتیک در سرتاسر ماتریکس پلی ساکارئیدی به بیوفیلم. (اگرچه تعدادی از آنتی بیوتیک ها قادر به نفوذ به ماتریکس می باشند). (ii) تغییرات فیزیولوژیکی به علت نرخ رشد آهسته و گرسنگی برای مثال، فقدان مواد غذایی یا استرس های محیطی (iii) تغییرات فنوتیپی در تشکیل بیوفیلم باکتری. (iv) حد نصاب دریافت (v) بیان پمپ های افلاکس. و (vi) پافشاری سلول باکتری هنگامی که در برابر ترکیبات آنتی باکتریال قرار می گیرد.